等朝野之间传得沸沸扬扬的时候，桓温带兵入京，对褚太后说，因为皇帝有痿疾，要废掉皇帝。褚蒜子估计消息闭塞，反而问道：“不会如此啊，皇上不是育有三子吗？”桓温不知道褚蒜子这女的是真不明白还是揣着明白装糊涂，于是又说：“太后难道不知道吗？这三子是皇上的宠臣相龙、计好、朱灵宝等所生。此三贼经常和皇上在一起，甚至夜不出宫，所以就私通宫中美人了（如果这三人真的留宿宫中，那此事倒也不是捕风捉影了）。”
褚蒜子这下乱了方寸，只能说道：“一切但凭大司马处理吧。”桓温遂让褚蒜子下诏废司马奕为东海王，另立相王司马昱为帝，是为简文帝，改元咸安。百官平素眼红桓温，可如今要站出来反对桓温此举的却无一人。桓温废掉司马奕后，又把他的三个儿子杀掉，相龙、计好、朱灵宝也被满门抄斩。司马奕被强迫离开都城，迁到吴县西柴里居住。司马奕害怕桓温暗害自己，竟然不敢让自己的妻妾怀孕，每日只是饮酒睡觉，忍辱求生。