由于整治沭水获得成功，沈括的才能引起了朝廷的关注。第二年，他便被调到东海（今江苏东海）代理县令。到东海后，他继续坚持兴修水利、发展农业的利民之策。当时他哥哥沈披在宣州宁国（今安徽宁国）任县令。在家信中，沈披常向沈括提及治理秦家圩的设想。沈括对此事十分关心，他还特意去哥哥那儿亲自考察了一番。
原来，秦家圩是位于现今安徽芜湖境内的一大片圩田，原来是属于一秦姓大户人家的。圩田是积水的低洼地，只要在环绕四周的筑堤岸内设闸门，在圩区内修渠挖沟，纵横交错直通闸门，就能做到涝能排水，旱可浇灌，年年也就能确保好收成。但是，北宋初年，一次特大的洪水冲毁了秦家圩的圩堤，从此圩田成为了一片汪洋。很多年过去了，修复圩田的建议虽不时有人提起，却一直遭到反对派的抵制。反对派提出反对的理由是：圩堤把洪水阻拦在圩田之外，逼得洪水没有归宿，必然冲决圩堤，酿成水灾。
沈括考察过后，他对那些反对派们提出了反驳意见，他说：“圩北大小湖泊绵延三四百里，圩西和大江相连，洪水来袭，自有去处。圩田拦截洪水份量不大，不会抬高水位。”这时候，又有一个反对派站出来说：“秦家圩的东南濒临大湖，堤岸不断受风浪冲刷，时间一长，圩堤难保。”沈括则认为只要措施得当，圩堤是可保的，他坚决主张修复秦家圩的圩堤，在大堤百步缓坡之外，修筑附堤，这样能使堤基加厚，然后在堤上栽植柳树，在堤底种植芦苇。这样一来，再猛再大的风浪经过芦苇的层层阻挡，漫坡的缓缓减势，对大堤也不会构成严重威胁了。