但是，他的缺点也很多，首先他原来是农民革命的领袖，参加革命的目的是为了推翻蒙汉地主的联合统治，是反对地主阶级统治的，但是，由于旧社会的传统势力，由于接收、改编了大量的地主军队、地主军官，由于地主阶级的儒生的大量参加，由于不自觉地继承了元朝的统治机构，使他逐步变质，最后叛变了农民革命，攫取了农民革命胜利的果实，从反对地主阶级统治到自己成为地主阶级的头子，地主阶级利益的保护人，反过来镇压农民革命，这个严重的罪恶，是无论如何也不能替他开脱的。
其次，他的以猛治国的方针，过分地运用特务组织，制造了许多血案，野蛮残酷的刑罚，大量的屠杀，弄到“贤否不分，善恶不辨”的地步。许多卓著勋劳的大将和文人，毫无理由地被野蛮杀害；锦衣卫和廷杖两桩敝政，在明朝整个统治时期发生了极其恶劣的作用，都是他开的头，立的制度。
第三，政治上的措施是必需随社会时代的变化而改变的。朱元璋却定下皇明祖训，替他一二百年后的子孙统治定下了许多办法，并且不许改变，这就束缚了限制了此后政治上的任何革新，阻碍了时代的前进。
