辽王抄完张居正的家之后,由于所得财产与之前所估计的相差较远,所以他就认定是张家提前转移了财产,便严刑拷打了张居正的几个儿子。张居正的大儿子由于不堪忍受这样的侮辱,在气愤之余上吊而死;他的二儿子同样无法忍受这样的侮辱,而选择投井绝食,幸运的是,他被人给救过来了。
由于有些大臣为张家求情,皇帝最后看在这些大臣的面子上给张家留了一处宅子,并给张家留了少许田地。即便如此,张家的生活也陷入了极度的困境之中。
在被抄家后,由于张居正的母亲无法面对家破人亡(活着的儿子也被充军到了烟瘴之地)的惨状,所以在一年之后就在悲伤中离世了。
在张居正身死之后,整个明神宗一朝几乎没有称道张居正的为人和功绩的。直到明熹宗天启二年(1622年),明朝皇帝才将张居正官复原职,重新给予厚葬,并且将张家变卖的房产都发还给他的子孙。在明思宗崇祯三年(1630年)时,礼部侍郎罗喻义等人,为张居正诉讼冤情,交给相关部门讨论,这才有了之后的二荫和诰命。